Sau khi trở về Trường An, Đường Chiêu Tông ban cho Chu Toàn Trung hiệu là Hồi thiên tái tạo kiệt trung thủ chính công thần, trên danh nghĩa cho hoàng tử Huy vương Lý Tộ giữ chức Chư đạo binh mã nguyên soái và để Chu Toàn Trung làm phó, cho giữ chức Thái úy, tiến tước Lương vương. Trong khi đó, đồng minh của Chu Toàn Trung là Thôi Dận nắm quyền kiểm soát tại kinh thành và khống chế triều đình. Sau đó, Chu Toàn Trung rời khỏi Trường An để trở về Tuyên Vũ nhằm đối phó với Vương Sư Phạm, song ông để người cháu là Chu Hữu Luân (朱友倫) ở lại kinh sư cùng với hai vạn binh sĩ Tuyên Vũ, tiếp tục bảo vệ hay kiểm soát Hoàng đế.[30]

Khi trở về Tuyên Vũ, Chu Toàn Trung tập hợp binh sĩ sẵn sàng công chiếm hai quân đang do Vương Sư Phạm chiếm giữ là Bình Lô và Thái Ninh. Tuy nhiên, vào mùa hè năm 903, Vương Sư Phạm liên minh với bộ tướng của Dương Hành Mật là Vương Mậu Chương (王茂章), tiêu diệt binh lính và giết chết Chu Hữu Ninh trên chiến trường, cho phép đội quân của Vương Sư Phạm có được một thời gian hòa bình ngắn ngủi. Tuy nhiên, Vương Mậu Chương thấy tình thế vô vọng nên đem quân Hoài Nam triệt thoái, Vương Sư Phạm nay phải một mình đối mặt với Chu Toàn Trung. Hơn nữa, không lâu sau đó, Dương Hành Mật cũng phải đương đầu với các cuộc binh biến của thuộc hạ nên không thể lại cứu viện cho Vương Sư Phạm. Vương Sư Phạm buộc phải đầu hàng Chu Toàn Trung, Chu Toàn Trung cho phép Vương Sư Phạm tiếp tục giữ chức Bình Lô tiết độ sứ, người này sau đó không còn là mối đe dọa của Chu Toàn Trung.[30]

Trong khi đó, Thôi Dận bắt đầu nhận thấy đội quân mà Chu Toàn Trung để lại Trường An là một mối đe dọa cho an ninh của triều đình và bản thân mình, do đó ông ta cố gắng tuyển mộ một đội quân mới để thay thế cấm binh và Thần Sách quân khi xưa. Chu Toàn Trung biết được điều này, ông bắt đầu nghi ngờ Thôi Dận quay sang chống lại mình. Hơn nữa, khi Chu Hữu Luân qua đời khi chơi thể thao vào mùa đông năm 903, Chu Toàn Trung nghi ngờ rằng đây không phải là tai nạn và Thôi Dận có liên quan. Chu Toàn Trung khiển một người cháu khác là Chu Hữu Lượng (朱友諒) đến Trường An thay thế vị trí của Chu Hữu Luân, cũng khiển các binh sĩ của mình thâm nhập vào đội quân mà Thôi Dận đang gây dựng.[30]

Quân đội của Lý Mậu Trinh đương thời cũng được cải tổ, Lý Kế Huy quay sang trung thành với Lý Mậu Trinh do Chu Toàn Trung hãm hiếp phu nhân của ông ta trong chiến dịch bao vây Phượng Tường, Chu Toàn Trinh do vậy nhận thấy quyền khống chế Hoàng đế của mình bị thách thức không chỉ từ Thôi Dận, mà còn từ Lý Mậu Trinh và Lý Kế Huy. Do đó, ông quyết định buộc Hoàng đế phải di chuyển đến Lạc Dương để gần với căn cứ Biện châu của ông hơn. Vào mùa xuân năm 904, ông thượng biểu cho Đường Chiêu Tông, buộc tội Thôi Dận làm phản, và sau đó cho quân Tuyên Vũ bao vây phủ đệ của Thôi Dận và giết chết người này. Sau đó, Chu Toàn Trung buộc Đường Chiêu Tông, hoàng gia, và cư dân Trường An phải chuyển đến Lạc Dương. Sau khi Đường Chiêu Tông đến Lạc Dương, toàn bộ cấm binh đều là các binh sĩ tinh nhuệ của Chu Toàn Trung, Hoàng đế bị cô lập.[30]